El ministro en visita extraordinaria para causas por violaciones a los derechos humanos de la Corte de Apelaciones de Temuco, Álvaro Mesa Latorre, acusó  a los funcionarios del Ejército en retiro: Luis Hernán Peña Andaur, Román Aquiles Barros Mardones y José Albino Krause Álvarez como autores y a Juan Carlos Figueroa Claus y Jaime Guillermo García Covarrubias como cómplices, del delito de homicidio calificado de Rubén Eduardo Morales Jara, perpetrado en Temuco, durante el mes de septiembre de 1973.

En la etapa de investigación (Rol número 114.047), el ministro Mesa dio por establecidos los siguientes hechos:

1. A) Que en agosto de 1973 el Ministro de Interior de la época, Jaime Tohá, contactó al abogado de Carabineros de la Prefectura de Temuco, Hernán Morales Gómez, para que se hiciera cargo en calidad de Fiscal Militar Ad –hoc de un sumario que se sustanciaría en la investigación que se llevaría a cabo con motivo de la existencia de una supuesta escuela de guerrilla en la localidad de Nehuentúe, sector costero de Carahue. Fue así que una vez notificado legalmente de su designación, se presentó ante el Comandante del regimiento Tucapel, coronel Pablo Iturriaga Marchesse (Q.E.P.D.), quien le asignó una dependencia al interior de la Comandancia de la unidad militar y dispuso que el teniente Jaime Guillermo García Covarrubias, ayudante del regimiento, sirviera en calidad de secretario y actuario. En dicho lugar, procedió a interrogar a los detenidos que habían sido traídos por patrullas militares del Regimiento Tucapel de Temuco desde Nehuentúe, tras haberse desbaratado la escuela de guerrilla que operaba en dicho lugar.
2. B) Que Rubén Eduardo Morales Jara, profesor de matemáticas y militante del MIR, fue detenido por una patrulla militar del Regimiento Tucapel de Temuco el día 4 o 5 de septiembre de 1973 en cumplimiento a una orden emanada de la Fiscalía Militar, que encabezaba el abogado Hernán Morales Gómez, en la causa rol 1198 – 73 por infracción  a la Ley de Armas. Dicha detención se efectuó en el domicilio de Morales ubicado en la población Dreves de Temuco. El detenido fue llevado al regimiento antes indicado y puesto a disposición de la Fiscalía al día siguiente. En dicho lugar se le tomó declaración indagatoria y se practicaron diligencias de careos en distintas fechas entre el 6 y 8 de septiembre de 1973, quedando en calidad de detenido e incomunicado en la cárcel pública de esta ciudad durante ese período, para finalmente ser declarado reo por el delito antes indicado, según consta de fojas 329 a fs. 339. Durante ese período fue visitado por su esposa y amigos en la Cárcel de Temuco, hasta que el día 11 de septiembre de 1973 le fueron negadas dichas visitas.
3. C) Que inmediatamente ocurrido el pronunciamiento militar del 11 de septiembre de 1973, las fuerzas armadas y de orden tomaron el control de la ciudad de Temuco. Este cambio en la institucionalidad del país provocó una alteración importante en el trabajo que el abogado Hernán Morales Gómez estaba efectuando en la investigación bajo su competencia, puesto que debido a su cercanía con el régimen saliente las nuevas autoridades comenzaron a desconfiar de él. Por este motivo paulatinamente fue perdiendo injerencia en las decisiones que se tomaban sobre los detenidos y procesados de su causa, remitiéndose solo a firmar las resoluciones que eran confeccionadas en la Fiscalía Militar a cargo del mayor de Ejército Luis Jofré Soto (Q.E.P.D.), que también funcionaba al interior del regimiento Tucapel.
4. D) Que para septiembre de 1973 en el Regimiento de Infantería n° 8 “Tucapel” de Temuco existía la Sección Segunda de Informaciones e Inteligencia que estaba a cargo del capitán Nelson Manuel Uldaricio Ubilla Toledo (Q.E.P.D.), bajo cuya dependencia desarrollaban funciones, además, algunos suboficiales de esa institución, labor que fue reforzada después del 11 de septiembre de 1973 con la agregación de funcionarios de Investigaciones y de Carabineros, los que entregaban información de carácter político al mencionado oficial de todas aquellas personas sujetas a una investigación por parte de la Fiscalía Militar. De igual modo se sumaron a las tareas de inteligencia algunos oficiales, clases y conscriptos del regimiento.
5. E) Que Rubén Morales Jara fue visto en malas condiciones físicas al interior del regimiento Tucapel con posterioridad al 11 de septiembre de 1973 en dependencias donde funcionaban las salas de interrogatorios que la sección de inteligencia mantenía y en donde eran sometidos a torturas los detenidos. También fue visto en la sala de guardia a la entrada del regimiento. En una de esas oportunidades en horas de la noche se encontraba en la guardia de la unidad militar el teniente Jaime Guillermo García Covarrubias, quien además era secretario del Fiscal Militar Ad–hoc a cargo de la causa en la que Rubén Morales Jara estaba procesado. En un momento determinado apareció en ese lugar el subteniente Manuel Espinoza Ponce (Q.E.P.D.), oficial de la Segunda Compañía de Cazadores, quien habría recibido la orden de ejecutar al detenido Morales Jara. Para esto formó una patrulla integrada por a lo menos cinco soldados clase que tenían el grado de cabo y sargento, entre los que se contaba al cabo Ernesto René Oberg Parra (Q.E.P.D.), Luis Hernán Peña Andaúr, Juan Carlos Figueroa Claus, Román Aquiles Barros Mardones y José Albino Krause Álvarez. El teniente Jaime García, una vez enterado de la misión encargada a Espinoza Ponce, ordenó hacer subir al detenido Morales Jara a un vehículo militar ¾  en el cual la patrulla se trasladó hacia un puente ubicado sobre el río Quepe. En ese lugar descendieron con Morales Jara a quien pusieron frente a la baranda del puente. Allí el Subteniente Espinoza efectuó dos disparos sobre el detenido con su arma de servicio. Inmediatamente dos soldados clase arrojaron el cuerpo de Morales Jara a las aguas del Quepe, pero al darse cuenta de que aún estaba con vida efectuaron ráfagas de disparos sobre él con sus armas. Después de esto, la patrulla regresó al regimiento Tucapel donde el Subteniente Espinoza dio cuenta del cumplimiento de la orden al oficial que le había dado tal instrucción.
6. F) Que durante la celebración de las fiestas patrias del año 1973 se difundió por radio una información que daba cuenta de la fuga del reo Rubén Morales Jara mientras era conducido por una patrulla militar desde el regimiento Tucapel hasta la cárcel del Temuco. Dicha noticia fue escuchada por el Fiscal Ad–hoc Hernán Morales Gómez mientras pasaba los días feriados en Pucón. Ante la magnitud del hecho, tratándose de un reo de su causa y no habiendo él dado ninguna orden para trasladarlo al tribunal, inmediatamente se apersonó en el regimiento Tucapel y con fecha 19 de septiembre dictó en la causa una resolución que daba cuenta de la toma de conocimiento del hecho antes indicado, según consta a fs. 340 de autos, llamando a declarar al militar al mando de la patrulla que supuestamente iba a cargo del  traslado de Morales Jara. Sin embargo, el comandante del regimiento Tucapel, coronel Pablo Iturriaga Marchesse (Q.E.P.D.), le impidió proseguir con la investigación, ordenándole que dejara de indagar a ese respecto. El Fiscal Ad–hoc Morales Gómez presentó su renuncia al cargo, la que fue rechazada por Iturriaga, obligándolo a continuar con sus labores; indicándole, además, que estaban en tiempos de guerra y que él decidiría cuándo debía dejar el cargo” concluye el fallo.